Federația Lituaniană de Baschet a anunțat numirea lui Jonas Kazlauskas în funcția de antrenor principal al echipei naționale de baschet masculin a acestei țări. Cele două părți au convenit asupra unui acord cu valabilitate pentru următorul ciclu olimpic, adică până după turneul de baschet de la Jocurile Olimpice de la Rio de Janeiro, în anul 2016.

Kazlaukas a antrenat pe CSKA Moscova în sezonul competițional 2011/12, contribuind la câștigarea titlului de campioană a Rusiei, respectiv la triumful din Liga VTB. De asemenea, a condus echipa armatei din capitala Rusiei în finala Euroligii masculine, unde CSKA a cedat de la un avantaj de 19 puncte consemnat la începutul reprizei a doua.

La nivel de echipe naționale, Jonas Kazlauskas a pregătit prima reprezentativă a Lituaniei între 1997 și 2001. A cucerit medalia olimpică de bronz la Jocurile Olimpice de la Sydney, în anul 2000. De asemenea, a ocupat o funcție similară la echipa națională a Chinei, între 2005 și 2008, alături de care a participat la Jocurile Olimpice de la Beijing. De asemenea, a pregătit reprezentativa Greciei, pe care a ghidat-o la turneul final al Campionatului European din Polonia, desfășurat în anul 2009. Atunci, Kazlauskas a cucerit medalia de bronz.